使用GeoDa研究地理流行病學 (Using GeoDa software for Geographic Epidemiology)

    在流行病學中的描述性分析部份, 最基本的是: 人, 時, 地的分佈描述(也就是所謂的三間分佈: 時間, 人間, 空間. 在中國內地, 可能也會教授"移民流行病學", 因為它可說明了地理因素與人遺傳因素, 對疾病發生的影響. 在台灣, 也會教授APC模型---即年齡-時代-世代研究模型)!

    在三間分佈的描述中, 發展得最慢, 或者說最後期的是空間分佈的描述. 原因是受限於GIS(地理信息系統)的研究與發展... 據知, GIS最先研究於Canada, 而研究的動機, 是因為當時的戰爭需要... ...(其實Internet也是因戰爭而出現吧!)

    隨著GIS研究成功, 全球衛星定位系統的出現(GPS), 電腦軟件的配合. 空間研究逐漸成熟. 若將空間研究應用到流行病學中, 就成了: 地理流行病學...

    現在近行空間研究的軟件很多, 有著名的ArcGIS, QGIS, GeoDa... 有商業軟件, 也有開源免費軟件.
    ArcGIS是商業軟件, 功能很多, 模块亦整全. 但據知很貴, 而且體積也很大!
    QGIS是免費軟件, 功能也很多. 但體積也不少.
    而GeoDa既是免費軟件, 功能也不少, 且體積不大! 是我很喜歡的! 可以結合QGIS 和/或SaTScan, 應足以應付一般的地理流行病學研究的需要啦...
    近日放假1星期, 於是好好研究一下GeoDa, "發挖"一下有沒有可以寫文的題材! 在實際的功能上, 它可以作:
1.地理分佈圖;
2.地理的統計圖;
3.數據與地圖聯合分析
4.空間聚集分析
5.空間回歸分析...
    誠言, 在這些功能上, 可以研究流行病學在地理空間內有否聚集現象, 以及引起聚集的原因! 真的很感恩研發者的貢獻呵...

僅分享我對一篇有關中國的科研文章看法 (Just sharing my view of an article which is about scientific research in China)

    近日從手機的娛樂資訊內讀到一篇報導, 說中國科研情況!

  
說中國的科研文章的"產量", 已佔全球科研文章產量的第2位. 但被引用的排名就只有第15位. 反映了產出的文章雖然多, 但創新性及在科研中的貢獻不多...

    其實我在想, 這是與中國的教育情況及評核職稱有關!

試想想, 在中國內地, 乃至華人地區, 都鼓勵兒童要把課文"背"好, 把"字"寫好; 甚少鼓勵兒童去創新和發掘新事物, 思考事情. 我記得有一次, 與一位中學生交談時, 得知他們快要考數學了, 但是他們要去背公式, 背考題的... 實在是令人斐然. 試問這種教育背景下的孩子, 如何做創新研究呢???

    再談評核職稱, 現在不單在中國內地, 連澳門也是, 某些機構在職位晉升的評審中, 發表科研文章的"分數"佔了一定的比例. 然而, 這些職位既不是科研職位, 工作中能用到科研的機會也不高, 這些人員對科研的認識也不深. 結果是: 為了評得上晉升, 就"粗制濫做"了一些文章, 東抄西寫... 只求能發表, 有數量, 沒有質量...

    所以有些人, 為了達到發表文章的目的, 於是就去試"走偏門", 其中最快也最常見的就是"抄襲", 甚至有歪論說: 天下文章一大抄!

   [題外話: 這也催生了多門生意---論文代寫(俗稱: 槍手), 代發文章的機構... 亂象叢生! 成為已公開的秘密, 為國際所恥笑...]

    

    為了防止抄襲, 學術機構近年也出現了"查重"(在電腦內查核文章中的段落重覆情況, 然後設定重覆率不超過20%...) 但是除了可防止一部份的抄襲外, 對於文章質素低下又有何用呢~

    當然, 亂象並不是中國特有, 近年如日本, 韓國, 美國等地區也偶有聽聞. 然而只是中國特別多.

    要處理這個問題... 很難!
要從教育的根本制度去斗正(防止家長再"拜分數"主意很難.)
要從評核的根本制度去斗正(阻人去晉升, 只求質量, 不求數量... 很難.)

    這條路還是很遠呵...

批評前應先要有認識---讀一篇禁毒評論後的感想

     我的博士論文, 題目就不說~ 內容是研究一些"隱蔽小群體"的數量, 以及他們的導到"隱蔽"的原因. 所以對這方面有一定的瞭解.
     首先是"隱蔽小群體"是什麼? 舉例子來說, 這類的群體有濫藥人士, 感染愛滋病病例, 性濫交者等, 他們的特點都是不會在公眾前承認自己是這類群體的一份子; 但想信在一個正常的社會, 這類人士應不會太多.
    為什麼要研究他們的數量? 因為他們都是高危的群體! 所謂"高危", 不單對治安, 更重要是健康及傳染病的風險; 如性傳播疾病及肝炎等... 但是, 研究他們的數量是很困難的! 因為他們很難接觸到, 以及不知他們的總體有多少人! 然而, 估計他們的數量郤又很重要, 因為可作針對性的處理, 乃至相關預防或幫助政策的制定和預算.
   
    說到如何估計他們的數量, 即方法學上, 常用的有倍數法, 捕獲-再捕獲法(Capture-re-Capture)等. 當然, 不同的方法, 在估算的結果可能有很大的差距, 據我所知, 捕獲-再捕獲法是較好的...
    雖然說, 估計數量很難去驗證是否恰當?(因始終很難對這群特殊個體的總人數作全面調查), 但至少, 有一個數據為依據!

    日前看到某報章的一篇評論, 說本澳的濫藥人士最新估算的數量下降, 但與鄰埠的數字相距甚遠, 便說成是"玩弄文字遊戲", 給人報喜不報懮的感覺... 誠言,
1.既然不知這群"隱蔽小群體"的總數; 且不同的方法, 估算的數字可能有較大的差異; 又為什麼盡信鄰埠的"估算"?
2.批評者又知道這隱蔽小群體的總數嗎? 為何批評本澳的估算?
3.批評者又怎知濫藥隱蔽化? 莫非他是其中一員, 且可代表發聲?

    在批評前應知多瞭解! 不要為批評而批評!

在商業上未來五年較渴求的工作(Desiring for the job of besiness in next 5 years~)

    數年前, 一位在澳洲的朋友回澳門, 相聚時問道她在澳洲讀什麼科目? 她告知是"分析師(Analyst)", 應是商業分析為主的; 除商業的學科外, 也要學習統計及編程(主要學習SAS及R). 現她在當地已有相關工作, 也落地生根了...
    當時給我感到頗新鮮的, 也留意著"分析師"及她的發展. 不可否認, 隨著大數據湧現, 機器學習算法的優化及電腦硬件的突破性發展, 人工智能(AI)打敗人類圍棋等, 不久的將來會"數據創做財富".
    今早在圖書館閱讀一本期刊, 就以相的的內容為主題故事, 並做出了未來5年, 商業市場上最需求的專才(見下圖). 我的解讀是:

資料科學家(Data scientist)及資料工程師(Data Engineer)

是將來5年需求最多, 但也最不滿足市場的需求.

    看來, 我也應該要轉行了!? 也拭目以待呢...

這本"量表編製"的書不好讀... (It is hard to read this book...)

    早約2個月前, 在中央圖書館見到一本關於"量表編製"的書籍.
    心想: 雖然自己學習流行病及生物統計學多年, 使用較多的問卷(量表), 但也沒有好好的研究過量表; 而且在研究生時期, 也沒有學過量表研製的課程. 3來是以往一些朋友問我關於量表的事, 只知期表面而不知其內涵... 實是有愧. 如今可以借到, 應是時候好好地"補習"一下.
    經過兩個月的閱讀, 這本書是有點失望的! 因為:
1.翻譯得不好, 譯句有很多語法的錯誤, 所以很難理解作者的原意;
2.其次是作者論述的深度不足, 較多的理論膚淺呢!
3.亦沒有很好的實踐指導...
    讀完後, 我試問問自己, 得到些什麼? 誠言, 較少!

向吳教授請教模糊統計學~(Asking some questions of Fuzzy statistics with Prof. Wu))

尊敬的吳教授:

    你好! 我是澳門的一名市民, 於中國內地研習流行病學與衛生統計學. 偶爾在澳門的圖書館, 看到你的＂模糊統計導論: 方法與應用(第一版)＂, 感到很特別, 帶來了認識的新視野. 當然, 對於本科研習醫學的我, 在理解數理的推導是有一定的困難, 但同時, 因有傳統統計學基礎的我, 又在某些方面較容易理解… 我有以下問題想向吳教授請教的:

1.     有沒有1份較正規的糢糊問卷, 讓我對糢糊問卷的設計有較全面的認識呢?

2.     在你的一個研究項目中(網路教育問卷調查新技術與線上模糊統計分析建構), 提到你正開發一款類似  minitab 的模糊統計分析軟件, 我能獲得及使用嗎? (並且我了解過, R統計軟件也有分析模糊分析的軟件包, 但除使用說明不詳細外, 相信亦較難使用呢~)

3.     在網絡上知上述的書籍已出了第二版, 它與第一版相比較, 有那些內容的增刪呢? (因第一版的內容, 有稍多的重覆及累贅; 也看過內地出版的, 除與第一版有類同外, 排版亦有錯誤呢…)

首先感謝你的書籍, 亦期望你的回覆呢~

讀者

... ...

兩日後我收到教授的回覆了:
Dear ... ...:

I am glad to know that you are interesting in the fuzzy statistics.

1. see the new edition book (second edition)

2. I am looking for a good company for the business publication for soft-ware.

3. please check the new edition.

最後我發現是沒有收獲的, 並且有一個想法: R統計語言在十多廿年的時間, 發展到現在的＂強大＂, 是因免費而能讓眾人士能參與其中! 想賺錢還是想讓模糊統計推廣~ 就在乎它的規劃啦... ...

讀＂研究方法與軟體應用＂一書 (Reading the book – “Research Methods and Software Applications: Concepts and Examples”)

            在剛過去的星期天(6月6日), 完成了一天的工作後去到頗具特色的何東圖書館會合大仔, 期間到了成人閱讀區走走, 看看有沒有什麼研究上的新書、好書. 偶爾看到了這本”研究方法與軟體應用”, 便借閱.

                 它主要是簡介一些近代的研究方法, 然後介紹完成這些研究方法的軟體吧! 結果花了不足一周就把它閱完了…

 

         誠言的, 我通常不會花錢買該類的書, 主要原因是:

1.     介紹的研究方法理論較少, 只是一飄而過; 不是很透徹!

2.     它介紹的研究軟體都是商業軟體, 當然在功能及外觀上可能較完善; 但是! 又有多少人可以花得起錢買來用? 我也不想使用盜版. 再說現在很多開源 (免費) 軟件也可代替呢~

3.   這些軟體很多時都會落伍, 也不是經典的及具代表性的, 如統計的SAS或SPSS咁!

4.     現在我學習一門軟件, 常看看在網絡上有沒有使用手冊、人家的經驗, 甚至是在Youtube上找找有沒有操作的示範, 不必動輒就買一本相關的書呢!

介紹的內容	介紹的軟件	可代替的 (免費) 軟件
Google Scholar
後設分析 (Meta 分析, 整合分析, 滙萃分析…)	Comprehensive Meta-Analysis	Revman (免費), 或在網上找找, 有些人做成Excel的文件; Stata
結構方程模式	Mplus	Smart PLS (免費)  AMOS(SPSS), Lisrel
決策分析	Expect Choice
概念構圖	Inspiration	(太多免費的…)
混合研究	MAXQDA	Atlas.ti, Nvivo
書目管理	EndNote X2	Zotero, Mendeley (免費)
論文撰寫	RefWorks

抱歉! 我不是批評這本書呢~

寨卡病毒病與新生兒小頭畸形(The relation between Zika disease and Microcephaly)

寨卡病毒病與新生兒小頭畸形的關聯性研究, 又是一個流行病學中, 病因學研究的好好例子…

在2015年5月時, 巴西的衛生部門開始監測到, 在巴西東北部地區, 出現有與登革熱類似的病症. 隨疫情的發展, 後來證實是Zika, 但同時亦發現在相同的地區, 新生兒小頭症的個案較以往明顯增多! 幾乎是2010年至2014年平均數156.2個案例的22.6倍(3530/156.2).

若按流行病學病因研究的說法: 在Miller法則上符合”共變”關係; 而病因關聯上已是符合時間順序關係.

隨著時間的推移、小頭症病例的增多、以及醫學/科研專家的重視, 紛紛出現了一些相關的研究文章, 但始終仍未見有Zika病毒感染與小頭症的關聯性分析, 如OR值或RR值、劑量效應關係等.

其中近日在The New England journal of medicine 就刊登了一篇文章: Zika Virus Infection in Pregnant Women in Rio de Janeiro — Preliminary Report. 在它的結果上:

Results

A total of 88 women were enrolled from September 2015 through February 2016; of these 88 women, 72 (82%) tested positive for ZIKV in blood, urine, or both. The timing of acute ZIKV infection ranged from 5 to 38 weeks of gestation. Predominant clinical features included pruritic descending macular or maculopapular rash, arthralgias, conjunctival injection, and headache; 28% had fever (short-term and low-grade). Women who were positive for ZIKV were more likely than those who were negative for the virus to have maculopapular rash (44% vs. 12%, P=0.02), conjunctival involvement (58% vs. 13%, P=0.002), and lymphadenopathy (40% vs. 7%, P=0.02). Fetal ultrasonography was performed in 42 ZIKV-positive women (58%) and in all ZIKV-negative women. Fetal abnormalities were detected by Doppler ultrasonography in 12 of the 42 ZIKV-positive women (29%) and in none of the 16 ZIKV-negative women. Adverse findings included fetal deaths at 36 and 38 weeks of gestation (2 fetuses), in utero growth restriction with or without microcephaly (5 fetuses), ventricular calcifications or other central nervous system (CNS) lesions (7 fetuses), and abnormal amniotic fluid volume or cerebral or umbilical artery flow (7 fetuses). To date, 8 of the 42 women in whom fetal ultrasonography was performed have delivered their babies, and the ultrasonographic findings have been confirmed.

 

由於它是一個隊列研究, 若按:

	病例	對照	總數
暴露	12	0	12
非暴露	30	16	46
總數	42	16	58

所得的RR=1.53（1.24, 1.89）, 結果解釋為: 孕婦暴露在Zika病毒, 其後出現胎兒畸形的風險, 是無暴露的孕婦1.53倍.

雖然這是病因學研究的病因關聯性分析, 但僅能證明Zika與胎兒畸形有關, 仍未能證明Zika與小頭畸形的關係…

參考文獻:

1.http://www.medpagetoday.com/InfectiousDisease/GeneralInfectiousDisease/55702

2. http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1602412

[更新2016.11.23] 
今日一國外很有名氣的醫學網站Medscape貼文, 有關寨卡病毒病的孕婦檢測指引, 據知是由美國疾控中心制作的.

http://www.medscape.com/viewarticle/871873_2?nlid=110777_804