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2020年12月12日 星期六

用Python及R進行基礎統計(Essential Statistics with Python and R)

假期放了3天,郤總是忙著忙著! 不是為孩子走來走去,就是為朋友的論文給予意見~

作為學林中人,總有著對學術的慊意! 畢竟已有一段時間沒寫文章或鑽研。學術是不斷地去追的,否則就是 "逆水行舟,不進則退"~而且心算自己的老本也不多呵...

想趁著雙12,買一本書給自己(給自己一份禮物吧!),但老男人,沒有嗜好,禮物自然就(又)喺書啦。想學學Python在數據科學的應用! 在網絡上找到一本很好的閱讀資料... 哎呀! 連雙12的零錢也省回。這本閱讀材料很好,因為

1.既有Python的操作方法,亦有R語言的操作方法。對於有R語言一定基礎的我,對照著R學Python,更易理解!
2.很新的資料,2019年撰寫的

3.它所說的統計也很容易呵!

希望對大家有用,互勉! 下載地址:https://escholarship.org/uc/item/03w0n5g3



2018年4月21日 星期六

有關SPSS的系列文章(A serial articals of SPSS)

    在中國內地, 研究生的統計教育, 基本都是教及使用SPSS統計軟件的; 我在讀研時也不例外!
    使用SPSS統計軟件的好處, 是它不用撰寫程式, 而且結果很多; 只要在"選單"上點選要分式的方法, 然後在結果頁選取所需的結果就好了... 當然, 隨著使用統計的年資增長, SPSS的不足之處也出現, 如:
1.它是商業軟件, 即要買使用執照的呵... 對學生而言, 有點困難.
2.使用的重覆性較差: 不同的人, 點選項不同, 可能出現不同的結果. 即結果的重覆出現軟差.
3.不能使用較新的統計方法, 畢竟是商業軟件, 更新是稍慢的.
4.對眾多的結果, 選擇及解釋上有時會出現困難.
5.對於繼續理解統計學是會造成障礙的. 因為它的很多選項及結果都是"預定"的, 所以為什麼要用這種統計方法前, 要驗證它的假設前題等, 只會"知其然而不知其所以然"...

    但是, 有時為了"偷懶", 也為能與其他人"溝通"(畢竟SPSS仍是很多人用的), 自己也會用SPSS先做一次統計, 又或去驗證統計結果是否正確.
    在4月初, 因工作關係, 無意中讀到一系列的SPSS的教學/使用文章! 很好的... 詳細及深入.
值得一讀的.

下載SPSS系列文章地址: https://pan.baidu.com/s/1b2r6SNrNhOXU6V7ccp4Wzg


2017年9月10日 星期日

學習使用時空掃瞄軟件---SaTScan 2 (Learning to use the software of Spatial and temporal Scan --- SaTScan 2)

    為了加深對時空分析的認識, 我近期對此及其應用軟件SaTScan進行了更深入的研究:



時空分析的理論

檢驗事件(尤其是疾病)的發生在空間、時間、空間及時間的分佈上是否隨機性

隨機性  ~事件呈較平均的地理分佈(p≥0.05)

非隨機性~事件呈現聚集現象(p<0.05)

完成事件的地理上的監測:偵測出呈顯著性的高發區(熱區)/低發區(冷區)

統計量:最大似然值(maximum likelihood, MLH) 
p值:蒙地卡羅模擬法(Monte Carlo hypothesis testing)

可做到:

搜尋時間、空間、時間及空間的聚集事件

靈活調整的空間掃瞄的單位

不可做到:

生成聚集事件的地圖,因此需配合地理訊息系統(GIS)或制地圖軟件(Google Earth, QGIS, ArcGIS…)

生成其他統計或回歸模型


時空分析的實踐

軟件:SaTScan, Google Earth

SaTScan:由哈佛大學公共醫學院Dr. Martin Kulldorff研發,應是目前唯一的時空分析軟件,又叫“Kulldorff”時空分析法。

Google Earth:將SaTScan的分析結果在Google Map呈現。



 實踐例子: 澳門2011年至2016年腸病毒感染的時空分析

目的:瞭解澳門2011年至2016年腸病毒感染的時間與空間的聚集性

問題:

有否時間與空間聚集性?

若有,在何時及何地?

資料收集:

從報章內容撰取數據…

製成Excel數據表

資料分析:Excel數據表內有發病人數(*.cas)及無病人數(對照組*.ctl),選用Bernoulli Model(伯努利模型)

結果研讀:(2011至2013年澳門中區的腸病毒感染有聚集現象)

CLUSTERS DETECTED

Location IDs included.: 1650, 1102, 1224, … 1621, 1114, 1236

Coordinates / radius..: (22.203412 N, 113.552529 E) / 0.70 km

Time frame............: 2011/1/1 to 2013/12/31

Population............: 856

Number of cases.......: 237

Expected cases........: 176.46

Observed / expected...: 1.34

Relative risk.........: 1.39

Percent cases in area.: 27.7

Log likelihood ratio..: 13.439157

P-value...............: 0.00026

2017年7月22日 星期六

學習使用時空掃瞄軟件---SaTScan 1 (Learning to use the software of Spatial and temporal Scan --- SaTScan 1)

    流行病學嘛~尤其是描述性流行病學! 要研究"三間分佈"呢~
    人間的分佈, 當收集到人口學特徵的資料後, 就較容易用普通的統計軟件分析;
    時間的分佈, 其實很多普通的統計軟件, 都有時間序列的分析方法, 雖然有點複雜, 但仔細研究一下, 相信都能解決到問題...
    空間的分佈, 很多統計的軟件也沒有這些功能, 因為GIS是一項較複雜的技術! 也是近今約30年慢慢發展的...如果是僅制作些空間分佈圖等, 現在都有些軟件能供應用! 如(偉大的R), QGIS, GeoDa..., SPSS據聞也有, 但能力就很"雞"~ (SAS我就不知道了!)

    但是我就不只滿足於這些, 要研究一下時間-空間的技術, 於是... 是好踏上這條... SaTScan路~~~ 也有人叫做Kulldorff時空掃瞄方法.

    即是說, 要進行時空掃瞄分析, 就要使用SaTScan軟件 (以我知, 暫時只有此款軟件才可完成此功能~ 不知R有沒有, 但肯定SPSS及SAS沒有吧)!

1. 下載這款軟件很方便, 只要到它的網站 (https://www.satscan.org/download.html) 作簡單登記後, 它就會透過電郵給你一個密碼! 然後就可以免費下載. 其實也可將它制作成免安裝的. 但我不做壞人家的規定呢...
輸入文件設定界面, 主要有三種文件要輸入: 個案文件, 對照組文件/人口文件, 地理定位文件
研究方法設定界面
輸出文件界面設定

2. 這款軟件並不難用, 但難在於它使用的資料準備、參數設定及結果的研判上.
2.1. 在資料準備上, 它可讀入很多的資料類型, 如dbf, csv, xls, txt等, 但我個人認為csv文件格式它讀入時較順利.
我同一個文件上, 最好有:
個案編號、
個案陽性數(case no)、 
對照個案數(control no---可計算伯努尼分佈Bernoulli distribution) 或 地區人口數 (population---可計算泊松分佈possion distribution)、
地區的經度(longitude)、地區的緯度(latitude)---可透過Google Earth取得!
2.2. 參數設定:最好使用50%人口, 看情況而定的馬可科夫鏈迭代次數(設定為999, 但小樣本可設為9999 或99999)
2.3. 結果最好配合Google Earth使用, 一目瞭然! (因為會生成KML文件)
在Google Earth 軟件輸出的結果--- 以紐約乳癌為例, 紅色為熱點---高發區, 藍色為低發區
    SaTScan對於疾病的空間, 時間聚集判斷很有用呢!!!

2016年7月18日 星期一

很好的STATA 14.1的教材 (A very good reading material of Stata 14.1)



    Stata 是我除了R以外, 較喜歡的統計軟件! 但與R相比, 有如下優點:
1.      它既有”下拉菜單式”的操作界面, 亦有”編程式”操作;
2.      統計編程的更簡潔;
3.      它統計功能的擴展性, 可與R媲美;
4.      自14版後, 據知變項名都較好地支持中文;
5.      它制作出來的圖也很美;
       但是缺點就是商業軟件, 價錢也不便宜! 雖然有破解方法, 而更新方法也不太麻煩. 但對於做學術的, 仍是不太好呢~

近日在某討論區見到有一份Stata 14.1的教材, 很精華地把它的基本功能總結出來:
Data Processing
Import, explore, summarize, and create new variables
Data Transformation
Selecting portions of datasets, replacing and labeling data, reshaping, merging, string manipulation, and saving
Creating Data Visualizations
Syntax and arguments for plotting functions
Customizing Data Visualizations
Data Analysis
Summarize data, declare data, conduct statistical tests, and estimate models
Programming

下載地址: https://geocenter.github.io/StataTraining/pdf/AllCheatSheets.pdf

2016年5月21日 星期六

親近我的情人-SAS統計軟件(Closing my lover – SAS Statistical software)



    我有一句嬉皮話: “SPSS是我的老婆, SAS是夢中情人, R是現在的女朋友!” 為何這樣說? 是因在日常的統計工作中, 大多數人都是用SPSS, 所以互相溝通上會較好, 而且初在研習統計時, 就是研習它, 較熟稔呢~
    然而, 在統計較公認的分析結果, 都是SAS, 所以若想到具規模的研究機構工作, 最好掌握SAS吧! 它就成為我的”夢中情人”啦~ 但是… 情人總是既愛又恨的, 因為它較難掌握精髓---編程, 而且安裝也不易, 動輒現在SAS 9.4版本已是10多”G”!!!
    R吧! 其實它… 挺可愛的! 一來免費, 二來身材輕型(只有約300M), 三來想如何, 就如何(因為可自行安裝新的統計包, 適合自己)!


     近期都在研習著高惠璇老師的, 一本喻為內地SAS的經典: “實用統計方法與SAS系統”.

    說真, 經典果然名不虛傳, 我想它的讀者不是統計的初學者, 而是具一定統計的人士, 因為它的基礎統計學內容很精簡, 而重點是高級統計學內容, 如: 回歸分析、判別分析、聚類分析及主成分分析等. 讀起來是頭痛的, 如光是介紹樣本”距離”已是11修推算公式… 但無可否認, 它的內容很細緻!

    接著是如何實踐SAS的操作呢!?
    SAS的精髓在於編程呵! 但它既龐然大物, 也不易得到運行執照!
    原來SAS公司推出了網絡版. 只要在以下網址註冊後, 就會收到SAS公司的電郵

http://support.sas.com/software/products/ondemand-academics/#s1=2
激活帳戶後, 可設定用帳戶密碼, 然後就可登入, 再進入編程界面啦!
編程界面與SAS安裝軟件差不多, 唯是沒有了”交互式界面”的輸入. 也挺好了吧!