2014年11月21日 星期五

學習著貝葉斯分析及其軟件WinBUGS (Studying Bayesian statistics and WinBUGS)

    其實我很早以前,就已知有”貝葉斯分析”這回事,但從來沒瞭解它的原理、用途及方法等…
    隨著學統計的日子越久,開始對統計的認識越深;統計就似是一瓶美酒,懂得品嚐者很著迷,不懂者就怕那苦澀味… 而我也深知傳統的統計學有著各種各樣的限制與不足;如要符合概率論的、最好是大樣本量、正態分佈則最好等等… 但現實又豈只是僅有這些情況呢!?於是統計學家在各種變異的情況下研究出這樣那樣的解決辦法:非參數檢驗(Non parametric test)、自助法(Bootstrap)、貝葉斯分析(Bayesian analysis)等等...

貝葉斯分析:
    它是先驗信息+樣本信息--->根據貝葉斯定理--->後驗信息--->推斷未知參數。
    據說這樣的理論,更符合人類的認知過程(!?)
因為需要高階計算,以往是很難實施的;但隨著電腦的發展、馬可夫蒙特卡羅方法(MCMC)及其相應軟件WinBUGS的完善,使其在近廿年有了很大的進展及應用。

WinBUGS的大概應用步驟:
1.設計模型
2.在DAG中建立Doodle模型 / 或輸入程式
DAG圖

3.對Doodle模型 或輸入程式進行驗證:
    在程式中要 mode
    Model/Specification--->Check model
4.輸入數據:Model/Specification--->Load data
    可用新窗口建立:File/New;也可以用list(變項名=c(…))---與R形式一樣
5.對模型進行編譯:Model/Specification--->Compile
6.對模型初始值設定:Model/Specification--->load inits
7.取得模型:Model/Specification--->gen?
8.設定要運算的變項:Inference/Sample--->node 選入要運算的變項 --->set
9.對變項/模型進行迭代:Model/update--->iterations 輸入迭代次數 --->update
10.輸出模型的結果:Inference/Sample--->node *(代表全部被選變項) --->stats / density…
11.判別模型收斂情況…???

    還有其他類似的軟件的, 比如:OpenBUGS... 但建議用WinBUGS較好, 因較穩定!

2014年11月20日 星期四

在科研界中弄虛作假,是會身敗名裂,甚至賠上性命的!(It will be lose all standing and reputation, even lose lives, if the research is deceptive.)

    在科研界弄虛作假,是存在於世界各地的!只是或多或少,或輕或重的差異矣。在近半年來,相關的新聞中尤以日本STAP細胞的研究---小保方晴子的最為關注。為此,她也付出了極大的代價:
1.不單現在她在科研界已是身敗名裂…
2.其博士學位也幾乎掉了;
3.其導師也為此上吊自殺;
    是否值得呢?

2014年11月17日 星期一

一份統計比賽作品,有關澳門醫療的,值得一讀!(It is recommended to read a excellent work of a statistical competition which is about the medical situation of Macao CHINA)

    記得數年前,我作為一名市民觀看了由澳門統計暨普查局主辦的第一屆 學界統計作業比賽,當時的感覺很好;因為該局的數據基本都以版面的形式出版,除了常規的數字報表外,很少提供原始數據供外界分析之用。我們具統計知識者都知道,這些”版面”數據有其特有的統計方面,不可亂用其他統計方法處理,否則有很大的誤差;所以對於只有本科水平的同學,能利用這些數據作出統計描述,並能說明其中些現狀,已是不錯!
    第一屆的獲冠的主題是有關交通的、第二屆為樓宇的賣買,今年已是第三屆吧!?
    前天花了半天的時間閱讀了今年(2013)獲冠的作品,是有關澳門醫療的狀況分析,感到很不錯!因為內容都較全面,基本該局有關醫療衛生的數據都用上了;而且也提出了現時醫療衛生的薄弱環節,如:
1.本澳現時的醫護人力資料緊缺的情況;也給出了與「非經合高收入國家/地區」平均人資相差距的數目,可作為培訓及聘用時的參考;
2.醫療的實體措施及效率,在現在及將來可能有趕不上需求的現象…
3.澳門在醫療公共衛生的科研資源投入是基符為”零”!
    當然,作品也有些可改善及優化之處:
1.能否更詳細的說明問題的原因…
2.能否提出更具體、可行及可操作性的建議呢!
    但是!作為本科同學的作品,及估計是行外人,作品已是”很優秀”的了!也冀望相關機構能看到這份作品!改善不足之處呢…


參考資料:澳門統計暨普查局, http://www.dsec.gov.mo/File/UStatContest/2013/Winner.aspx

2014年11月13日 星期四

看了電影《生命中的美好缺憾》的感受 (The feeling of film - The Fault in Our Stars)

    我很少在晚上看電視及電影,因為晚上基本上都貢獻給兩個”化骨龍”---大仔要做功課和溫習,細仔則要玩遊戲或陪睡覺… 最多就是看看些文章;如遇上了週末日,可能看看些網上的電影!
    選擇電影,我的準則是:應是取獎項的,又或是被推薦的。忘記了何時教青局給我的電郵中說,可讓大專學生免費觀看《生命中的美好缺憾》這部電影!唉!我已博士畢業了!已不是大專學生,但還電郵這些資訊給我幹嗎?(無奈)。但仔細地在網上搜尋了該電影的內容,因與我的專業對口,所以還是下載來看看吧…
    故事的內容不多說啦(可以在網上大致了解到的)!但子細地刻劃了身患癌症青少年的心路歷程,以及家人的對待等,是值得推介的。 

   之後我在想:其實在我計劃博士論文研究之初,是希望研究:
1.癌症患者的家族遺傳性概況(癌家族及家族癌的);
2.了解主要癌症,如肺癌及肝癌的遺傳度;
3.如可以的,收集家族的血液樣本,看看能否做出基因定位等。
    當然,我心知這是有點”大想頭”,但有多少,做多少,至少是個澳門相關研究的開始嘛!無奈是:被官方醫院以這是病人的隱私為由拒絕了!其實澳門只有兩所醫院能收治癌症患者,又因官方醫院可免費給予癌症患者的治療,所以患者基本都集中到此,原本這構念應是很好的。澳門就是這樣與別不同!只重視科技而不重視科研(包括社會文化及醫療等範疇~~~)
    另外,當時在準備的過程中,也有些人向我說:可以探討癌症患者照顧者的需求與關顧!癌症患者的心路歷程等
是的!當癌症已數年成為澳門居民死因首位時,這不單是醫療衛生的研究課題,更是社會學科的研究課題了!

冀望澳門的科研有光明的明天,不是... 生命中的美好缺憾!

2014年11月11日 星期二

科研論文中的惡性腫瘤 (malignant tumor of research thesis!)

    近日在某份免費報章的廣告中,見到如此的廣告…
當然,我不排除經營者是有真才實學,而且是想輔導在論文寫作或課題研究的路途上,需要幫助的人!其中只賺取些錢。但是我感到很困惑,為何廣告如此的資料隱蔽?一個稱呼、一個聯絡電話、一些經營者的學歷介紹等也沒有!?只有一個…可在網路上隨便開立的電郵地址。是否刻意迴避往後的追討或法律責任呢?
更甚者,為什麼會有報章允許刊登如此的廣告?他們是否沒有新聞的倫理 / 常理審查的呢?

    我有這樣的兩個故事,都是真人真事:
阿K跟本不是個科研的材料;讀碩士研究生只為拿一張學歷證書罷!在網路上找了一些所謂的「槍手」,談好了費用約7000元人民幣,要槍手代其”制作好一本論文”。據聞期間遇到很多生氣事,例如收了錢後拖延等!最後拿到了手,郤到我面前哭訴。
    我細看了,不禁大笑起來!全無內文,只是一堆文字段落的亂堆亂放,全不能用。最後她逼於無奈也只好自己熬了一份”論文”出來… 當然… 最後的成績(大家明白的)。
第二位是一位哥仔,在國內讀研,已讀了很多年,老師也迫著他要交論文,否則就會過期拜拜了!他很認真的把研究數據收集了,甚至連統計分析也基本弄出來了(因為這些事情我都指導他了),只是還沒有”寫”論文出來。過了好一段時間也沒有消息,忽然有一天他突然打電話來,要給我看他的論文,他告訴我在這段隱形時間,也找了槍手,花了約2000元!?但最後連他自己都對內容看不過眼,自行重寫… 最後,他取得了碩士學位。

兩個故事都是我親身的經歷,總結起來都是:錢收了,拖拖拉拉,最後交給你一堆垃圾!事主為免之前的錢白花,也疑於是”掉臉事”,迫於繼續沉淪而不能自拔。
有這些毒瘤的存在,除是有存心不良的經營者,還有的是那些”走捷徑”的購買者,兩者都是科研界的害群之馬。還是回到正途吧…
        學位是重要,但在社會上工作或做人,更重要的是誠實品德及能力的真材實料吧!

2014年11月10日 星期一

數篇關於發表文章及論文寫作的好文章 (Some good articles of submitting academic manuscript and writing Master’s / Doctoral thesis)

    數天前無意地發現在國立臺北大學的網站內,有「撰寫碩博士論文與投稿學術期刊」論壇的文章,便下載來閱讀。感到很好!它分為兩大類:投稿的策略及學術論文寫作的事項等…

1.投稿的策略,有:
    它舉了個很活生生的例子,讓讀者知道投稿失敗是十常八九的,只要是從中吸取經驗並修改,最終都是會有成功的;當然也指出了投SSCI的一些原則和要點呢…
    這篇文章最突出的,就是用了6份SSCI的文章,說明了SSCI的投稿規範;但我從中學到了”英文範文”啊!也學到「引用」及「被引用」的要訣。
    而這一篇可重點看看期刊雜誌社是如何評審SSCI文章的。

2.學術論文寫作的事項,有:
    是對初寫論文的同學一篇很好的指導性文章,基本覆蓋了論文的重點及要點。
    這篇文章,很適合同學在開始研究之前閱讀,因為說了很多有關選題目及導師、計劃研究的先導工作…
    這份就更集中在論文”計劃書”的撰寫技巧上了…

    互聯網上有很多很有用的文章,也感謝前輩們無私的提供…
    如果當年能讀到這些好文章,我想我的論文之路就不會走得那麼”歪”了…

參考資料: 「撰寫碩博士論文與投稿學術期刊」論壇: http://www.ntpu.edu.tw/pa/news/93news/940524.htm

2014年11月7日 星期五

季節性流行性感冒疫苗的一些事… (Something about the seasonal influenza vaccine…)

    想對流行性感冒疫苗有瞭解,先要對流行性感冒病毒作一個很充分的認識才行…
    流行性感冒病毒(簡稱:流感病毒),是一種急性呼吸道傳染病毒;它可引起以發熱、咽痛、頭痛、肌肉骨骼痛及虛弱為主的徵狀;主要是透過飛沫傳播,偶爾也可透過接觸而感染;一般經過對症處理,數天或一週內基本會恢復;但也可在些人群中誘發併發症,如肺炎、病毒性胃腸炎等…
    流感病毒的分類方法可多呢!
1.從發生時間上:季節性 / 暴發性
2.從病毒類型:甲型(A) / 乙型(B) / 丙型(C);甲型常引起大暴發的,而乙型只引起區域流行,丙型則很少發生,較多的只在家禽內出現
3.從出現的地域:很多啦!如:墨西哥、加利福尼亞…
4.從病毒的表面抗原分類(H和N):又很多啦!如:H3N2、H7N9、H5N1…

    據聞流感病毒是個很大的家族!依其表面抗原分類就有100多類…
    世界衛生組織會定時定候向各會員國或地區收集當地的疫情資料,便會依據這些資料中流感的情況,估計來年會流行的其中三種(即三價疫苗,現在也有四價疫苗,但成效是否較三價高及好?我想仍有待研究及觀察呢!),把這三種的流種病毒放到雞蛋培養、提取、碎裂、混合抗生素等步驟而製成。
    今年的流感疫苗內的三種病毒是:
1. A/California/7/2009(H1N1)
2. A/Texas/50/2012(H3N2)
3. B/Massachusetts/2/2012

    常見很多人對接種流感疫苗有誤解,如:
1. 為何打完都有流感發生?
- 其實每年的疫苗只有3種病毒成份在內,也不可能太多;只能從大方向預防。可能在你的居住地有其他的類型發生,甚至可能會有突然的大暴發,如2009年突然暴發H1N1,在2008年是預計不到的…
  當然也應鼓勵接種!因隨著接種的年份越久,接種的病毒數越多,那我們身體的抗體保護網就越廣。
2. 接種會否有危險呢?
- 因疫苗是用碎裂(已死了)的流感病毒製成!一般都很安全。當然,因製作過程中有蛋的殘餘物、抗生素的混合物,可能會引起”過敏反應”。
  但是!對蛋和那種抗生素過敏的人一般很少!,而且個案通常是清楚知道的,所以發生率是很微,若是!諮詢醫生或不接種就是啦!在個別的新聞也有報導,接種後患了些神經病變,如:格林巴利綜合徵 (Guillain Barre syndrome)。說實在,這些很多時候都是被傳媒過份地渲染了,若從流行病學及統計學角度看,發生的機率只有10萬分之幾至百萬分之幾。與不接種流感疫苗而患重症流感併發症的機率相比,是蒼蠅見牛!並且很多個案都是存在有某些缺憾或基礎病的,如: 神經系統的發育問題;因此也很難將神經病變的原因全歸咎於流感疫苗!!!
  除非有禁忌症,否則接種有好處,而且在澳門也不用”$”。

    至於我!當然每年都有打...

參考資料:http://www.cdc.gov/h1n1flu/yearinreview/yir1.htm

[2016年10月12日更新]
在台灣的衛生福利部疾病管制署今日有一帖文, 其中的內容是:
"... ... 2009年H1N1流感疫苗的製作過程與全世界已使用多年的季節流感疫苗相同,各國在大規模使用後的上市後經驗,也支持該疫苗的有效性與安全性。2009年H1N1疫苗和若干年間季節流感疫苗雖然可能在接種後短暫微幅增加格林巴利症候群GBS風險(每百萬劑增加1例GBS),但罹患流感後發生GBS的風險更高(每百萬次流感就醫增加17例GBS)。因此,在流感流行季期間時,接種流感疫苗整體而言可保護接種者免於GBS等急性神經系統疾病
    另各國多年研究及文獻回顧已排除疫苗(包括流感疫苗)與自閉症關聯性。接種流感疫苗是全球科學及公衛界一致認同預防流感最有效的方法,特別是當疫苗涵蓋率高時可產生群體保護效應,亦即接種流感疫苗除了保護自己外,也可保護周遭的人。"
參考資料: http://www.cdc.gov.tw/info.aspx?treeid=45da8e73a81d495d&nowtreeid=1bd193ed6dabaee6&tid=3E9E8E5811B8F6D0