2020年12月12日 星期六

用Python及R進行基礎統計(Essential Statistics with Python and R)

假期放了3天,郤總是忙著忙著! 不是為孩子走來走去,就是為朋友的論文給予意見~

作為學林中人,總有著對學術的慊意! 畢竟已有一段時間沒寫文章或鑽研。學術是不斷地去追的,否則就是 "逆水行舟,不進則退"~而且心算自己的老本也不多呵...

想趁著雙12,買一本書給自己(給自己一份禮物吧!),但老男人,沒有嗜好,禮物自然就(又)喺書啦。想學學Python在數據科學的應用! 在網絡上找到一本很好的閱讀資料... 哎呀! 連雙12的零錢也省回。這本閱讀材料很好,因為

1.既有Python的操作方法,亦有R語言的操作方法。對於有R語言一定基礎的我,對照著R學Python,更易理解!
2.很新的資料,2019年撰寫的

3.它所說的統計也很容易呵!

希望對大家有用,互勉! 下載地址:https://escholarship.org/uc/item/03w0n5g3



2020年8月22日 星期六

統計學上的辛普森悖論(Simpson's Paradox of Statistics)

昨晚留意到YouTube的一段視頻,是關於一個 "民意調查"中,數據的錯誤計算。
視頻中的女士說,因為數據計算中未進行加權,導到 "支持"與 "反對"的差異很少,甚至可能將結果反轉...
是的! 計算是未有加權。但更精確地說,是因為犯了統計學上的 "辛普森悖論"! 才出現差異少,甚至結果可能 "反轉"。
辛普森悖論是很常見的,亦是很多人易犯的錯誤,更小心的是易被人"誤導"了~

(利申:我對內容提及的政治問題沒有什何偏向及意見,純是統計學上的見解呵!)
計算方法:

總結果

                    支持:(21367*20%)+(1705*50%)+(1012*37%)
                                -------------------------------------------------- ~22.8%
                                           21367+1705+1012

                    反對:(21367*63%)+(1705*31%)+(1012*41%)
                                -------------------------------------------------- ~59.8%
                                           21367+1705+1012

單支持者結果

                    支持:(21367*20%)+(1705*50%)
                                ---------------------------------- ~22.2%
                                           21367+1705

                    反對:(21367*63%)+(1705*31%)
                                ---------------------------------- ~60.6%
                                           21367+1705
參考資料:

2019年1月26日 星期六

科研文章寫作前要讀的一篇有關研究方法及統計的文章 (Suggesting to read this article about research methodology and statistics before writing scientific paper!)

    剛過去的星期, 舊上級又邀請我為他的一名研究生, 提供論文中統計學的意見(當然是免費的!). 之後舊上級電郵來這位學生的"開題報告". 我細心地閱了, 心裡感到很疙瘩. 因為這份開題報告內容感到是"東拼西湊", 很多基本內容欠缺, 甚至連文獻回顧的內容一點也沒有. 真不知她的立論基礎是什麼了...

    我在研究生訓練的過程中, 我老師都很著重開題報告、論文及口述演示PPT. 所以我認為︰好的開題報告, 已是論文成功的一半; 餘下的只是結果、討論及結論等內容...
    開題報告的內容要規範, 研究方法、統計分析思路都要很清析, 這論文課題才能有明確的方向及"藍圖", 亦讓導師及評委知道你想做什麼!

    這種情況已不是一次遇到, 之前也有好幾位研究生的開題報告都是這樣, 很讓人納悶!
   
    今日讀到一篇中華流行病學雜誌的文章:醫學期刊統計報告要求的詳述與解讀.
    雖然內容不是針對論文的, 亦不是針對開題報告的! 但內容從:研究方法、統計分析、結果表達3方面, 提出了要求與規範! 可作為開題報告, 乃至論文寫作的參考! 強烈研究生們閱讀和學習...


參考文獻:
严若华, 彭晓霞.
Yan Ruohua, Peng Xiaoxia.
医学期刊统计报告要求的详述与解读
Statistical reporting requirements for medical journals: Amplifications and explanations
中华流行病学杂志, 2019, 40(1): 99-105
Chinese Journal of Epidemiology, 2019, 40(1): 99-105
http://dx.doi.org/10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2019.01.020
http://html.rhhz.net/zhlxbx/20190120.htm

2018年9月15日 星期六

向台灣林敬恒教授學習流行病學 (Learning Epidemiology from Prof. Lam)

    今年初收到D主任的微信留言, 告知周教授今年不來澳門教授流行病學了.
    內心泛起驚訝: 
"不是吧!? 
不是周教授身體抱恙?(因周教授已是長者) 
按理今年應是輪流到我宴請周教授, D主任她們用餐呵, 那麼樣辦呢..."

    經過協調, 今年林敬恒教授到來授課, 代替周教授, 我想必是周教授的細選與安排, 實是感恩周教授的造福.
    特意地在網絡上找過林教授的個人資料, 以便課前更多的瞭解. 但找到的不多, 只知是年青的, 在台中榮總醫院工作呵.

    在9月8日至9日是林教授來澳授課的日子, 由於我是旁聽人員, 應在上課前先向老師說聲好. 誰不知與老師初見面, 除了握手外, 更知悉老師已在互聯網上閱過我的資料, 哈哈! 我心想我只是在澳門工作的一個小小流行病學工作人員唉... 原來D主任已在早前向老師說了, 有"條戇居友"會來旁聽呢...
    謝謝老師的教學, 今年又吸收了些新知識, 如: 大數據及實證流行病學, 精準醫療等, 這些都是流行病學近年的前沿研究啊... 期望日後能多些向林教授學習知識...

2018年9月4日 星期二

投稿科研文章之路2---終於等到結果 (The road of contribution of scientific article 2---The result !)

介紹信的樣式
    按上文撮要,
1.寫好了文章,
2.註冊了"網上投稿"系統,
3.把文章投到系統內.
    接著... 就是要呈交些文件, 這是較繁瑣的步驟, 因為我的老師在內地廣州, 很多時要郵寄文件給老師確認及蓋科室的印章...

1.首先要交的是"论文著投送介绍信及授权书"

    它可在確認投稿的電郵內找到下載地址.
1.1 填寫好後, 郵寄給廣州的老師(這一步已花了約11天: 7月8日寄出, 19日老師告知才收到), 要她簽名, 並蓋上科室的印章;
2.2 然後把文件先掃瞄及電郵給我, 以便先電郵給雜誌社, 讓他們盡快開始審稿. 再將文件正本郵寄給雜誌社.

2.再回網上投稿平台

    再次回到平台, 已經看到稿件狀態改為"審理中", 現在是靜待結果的時刻...

3.終於等到了結果

    在9月3日下午, 我終於收到了手機短訊, 它是由中華預防醫學雜誌社發出的. 大意是:請查看投稿系統及郵件中的退修意見!
    於是... 我就打開了登記的郵箱, 已見到:
稿件狀態改為審理中, 期望有好的回覆...

中华XXXX杂志 稿件退修通知
尊敬的陈XX老师
   
您好!请您点击下方链接关注本刊官方微信,随时关注稿件审理状态。若未关注,可能会耽误您稿件流程,所致后果自理。
您的稿件 ZHYF-2018-XXXX-XXXXX ... ...已经通过《中华XXXX杂志》编委会审理,本文修改后可被本刊考虑录用,请仔细修改。具体修改意见请见系统中编辑修改稿或一审编辑意见。
    1、投稿修稿问题:您需要登录您投稿时采用的中华医学会网站(http://uip.cma.org.cn/main.do 进行文章的查阅与修改。请在网站的左上角输入您投稿时注册的用户名/密码。输入用户名后点击个人业务办理然后点击远程稿件管理系统,即可看到退修稿,请在此基础上对论文进行修改。修改后的稿件也请通过此步骤上传修改稿。
您的修改质量会对您文章的发表时间产生很大影响,请认真对待。对于一审编辑意见(或审稿专家意见)需要逐条回复,回复内容请列于修改稿文档中,文章正文之上。修改稿中编辑意见需要逐条回复,回复于修订批注中即可。根据中华医学会杂志社的相关规定,当论文的主体是以人为研究对象的试验时,作者应该说明其遵循的程序是否符合负责人体试验的委员会(单位性的、地区性的或国家性的)所制定的伦理学标准,并通过受试对象的知情同意。
2、著作权问题:鉴于文章的著作权问题,请您确认是否已将著作权转让书寄予编辑部,如尚未邮寄请点击以下网址:http://www.~~~~.cn/cn/xiazai/sqs.pdf下载授权书并打印,请所有作者按顺序签名,单位盖章后将著作书原件寄予以下地址:北京东四西大街42116室,中华预防医学杂志编辑部收,邮编100710,电话010-85158377
3、版面费收取问题:《中华预防医学杂志》从20051期开始改为铜版纸印刷,彩图随文。无彩图文章500/面,有彩图需要在版面费的基础上另缴1000元彩图制作费(一张或几张彩图均收取1000元)。如您不同意请在修改稿中第一行注明,如不注明默认为认可。
4、修改时间:请注意您的修改时间及质量,自退修之日起计算,并于15天内修回,或不认真修改,无法达到发表要求者,本刊将做退稿处理。
感谢您对《中华预防医学杂志》的支持与厚爱,您的支持是我们最大的动力!
本刊继往发表文章查询,本刊相关信息查阅请登陆本刊官网:www.~~~~.org.cn
                                                  中华XXXX杂志编辑部

去到投稿系統,也見到了"一審意見":
【审稿决定】: 退修
【审稿意见】: ... ...

拟刊登栏目:短篇论著。

後記[2020.08.22]  最後約1年前,收到雜誌社的通知,仍是拒稿了... 很感無奈!  接著入冬及年初的疫情,沒有理會稿件。唉!  是我的不好!

2018年9月2日 星期日

科研的屍體解剖(Autopsy of science)

碩導老師在微信分享了一篇文章,是他為某書寫的導論,對其中一段說話很有感觸!
因有些朋友找我,就是为他/她的科研做“屍体解剖”!其實我很想說: 我只能盡力,“死馬當活馬醫”。但能不能,结果如何?只是天意!

2018年7月14日 星期六

投稿科研文章之路(The road of contribution of scientific article)

    寫這個Blog(博客)的目的, 是希望能幫到想或有需要投稿科研文章的朋友, 尤其是投到內地核心期刊的讀研究生朋友!
    這篇Blog可能會比較長, 因為我想盡力把整個投稿過程表達出來... 並適時會修改! 望能見諒.

    作為一個具博士學歷的人, 研究及發表文章 (這裡的文章是指"科研文章") 是很自然的事! 當然, 已畢業的我, 再沒有發表一定文章數量的"壓力"; 現在發表文章的動機, 更多是為了興趣與博士的使命感...

    另外, 有時與朋友, 尤其是些正在讀研究生課程的朋友交流時, 得悉他們都"苦"於如何發表文章! 即無去路---不知如何去投稿? 投到那所雜誌社去?..., 又要被迫發表---因為現在很多大學都要求研究生畢業時, 要發表一定數量的文章; 如碩士研究生至少要在"核心期刊"以第一作者發表一篇; 博士研究生至少要在SCI以第一作者發表一篇, 或在核心期刊至少發表兩篇等, 具體情況要視乎不同的大學與專業學科而定啊.
    我心想: 既然決定要讀研究生, 就預定了要發表文章啦! (廣東話說: 食得咸魚抵得渴)! 倒不如好好地鑽研這一"技能"吧!

1.投稿前的準備及注意事項

    投稿要準備的事是不少的, 也不能"馬虎":
1.1    寫好一篇文章: 寫文章時, 要盡量參考你想投稿到的雜誌社的文章格式, 如: 文章的版面格式, 參考文獻的格式(GB-7714-2005, 還是APA 6th)與引用格式...  如果是投SCI文章, 更應細讀投稿網頁內的"作者"事項.
         而且應盡力把文章修改好, 經導師或通訊作者審閱好, 才投出去呵!
         因為這些都是代表你的"誠意"及"負責任"的態度呢~
1.2    要瞭解那些期刊是"核心期刊": 我們通常指的是北大中文核心期刊, 最新應是2014年版. 找到你想投稿的專業界別, 如: R1 预防医学、卫生学 內的... 決定好你要投稿的雜誌.
1.3    確定好你文章的內容, 是否與投稿的雜誌辦刊方向"對口": 如護理的文章, 就不應投到預防的雜誌, 否則拒稿風險較大啦! 當然, 最好文章內容不要涉及些政治等問題.

2.投稿去

圖1  網頁登入界面
    準備好了文章及"自我"審查後, 便可開始投稿"旅程", 當然! 不包"一定生仔":
2.1    現在一般都用"網上投稿"的方式投稿. 例如我常投到中國內地的中華系列, 他們已有自己的網上投稿平台: http://sso.cma.org.cn/sso/login?service=http%3A%2F%2Fuip.cma.org.cn%2Fmain.do (見圖1)

         登錄入系統或註冊一個新的用戶! 即可進入該中華系列的網上投稿平台(見圖2)

圖2 投稿平台
         2.1.1    進入平台後, 首要登記成為那本雜誌的作者, 才可能投稿到那本雜誌的.
在剛開始的網頁, 會見到以下內容:
欢迎使用远程稿件管理系统 申请成为杂志作者
點選藍色子"由請成為雜志作者", 隨後就可見到一列雜誌的名稱, 想文章投到哪, 就鈎選哪雜誌.
之後就可在圖2的1處, 選擇你想投稿的雜誌社了...

2.2 投稿: 點選圖2的2處-->作者投稿, 就會出現圖3的訊息.
     到這裡, 有一個技巧, 就是它有數個頁面資料要填的, 一定要一次完成所有資料的填寫, 否則不能投稿的.
圖3 投稿的資料
    同時, 它要你投稿前提供介绍信及授权书, 內需要有單位蓋章, 各位作者的簽名等. 一般要集齊簽名及蓋章後, 先掃瞄及電郵給雜誌社, 讓雜誌社開始審稿; 然然郵寄正本給雜誌社呢...
    當你完成上述的投稿資料輸入後, 會在註冊的電郵內收到雜誌社的確認電郵:
中华XXXXX杂志 投稿成功通知



尊敬的陈XX先生:
    非常感谢您对本刊的关注与支持!

您可以登录投稿系统,查询稿件处理情况,投稿系统会更新稿件的处理进度,投稿系统请登录:http://www.cma.org.cn/ywzx/index.html
如果您想查询更多关于中华预防医学杂志的信息,可以登录以下网址:http://www.XXXX.org.cn/。您也可以关注我们的微信,关注方式:搜索“中华XXXX杂志”,点击关注。
    请您将论文著投送介绍信及授权书(下载地址:http://qk.cma.org.cn/cma2-qk/data/para/sqsCn.PDF)、基金证明复印件(省以上各类基金)等材料的扫描电子版发送到编辑部邮箱 XXXX@cma.org.cn,我们会在看到您的邮件后尽快安排文章的送审。电子资料提交后,请您尽快将纸质版的资料邮寄到以下地址:北京市东四西大街XX号中华XXXX杂志编辑部;邮政编码:100710。
    为了增加稿源,更好的服务读者,本刊自2015年起,免收审稿费
    本刊编辑人员负责专业及联系方式:... ...
■ 稿件的详细信息为: 
*稿件编号:ZHYF-2018-XXXX-XXXX
*稿件题目:应用XXXX澳门地区XXXX情况

參考資料:

1. GB-7714-2005: https://gradschool.ustc.edu.cn/ylb/material/xw/wdxz/19.pdf
2.北大中文核心期刊: http://lib.hhu.edu.cn/news/show-270.html
                                     http://lib.hhu.edu.cn/upload/201704/12/201704121414100956.pdf
3.介紹信及授權書: http://chinaepi.icdc.cn/config/zhlxbx/news_category/2014-08-27/%E4%BB%8B%E7%BB%8D%E4%BF%A1%E5%8F%8A%E6%8E%88%E6%9D%83%E4%B9%A6.PDF