學習使用時空掃瞄軟件---SaTScan 1 (Learning to use the software of Spatial and temporal Scan --- SaTScan 1)

    流行病學嘛~尤其是描述性流行病學! 要研究"三間分佈"呢~
    人間的分佈, 當收集到人口學特徵的資料後, 就較容易用普通的統計軟件分析;
    時間的分佈, 其實很多普通的統計軟件, 都有時間序列的分析方法, 雖然有點複雜, 但仔細研究一下, 相信都能解決到問題...
    空間的分佈, 很多統計的軟件也沒有這些功能, 因為GIS是一項較複雜的技術! 也是近今約30年慢慢發展的...如果是僅制作些空間分佈圖等, 現在都有些軟件能供應用! 如(偉大的R), QGIS, GeoDa..., SPSS據聞也有, 但能力就很"雞"~ (SAS我就不知道了!)

    但是我就不只滿足於這些, 要研究一下時間-空間的技術, 於是... 是好踏上這條... SaTScan路~~~ 也有人叫做Kulldorff時空掃瞄方法.

    即是說, 要進行時空掃瞄分析, 就要使用SaTScan軟件 (以我知, 暫時只有此款軟件才可完成此功能~ 不知R有沒有, 但肯定SPSS及SAS沒有吧)!

1. 下載這款軟件很方便, 只要到它的網站 (https://www.satscan.org/download.html) 作簡單登記後, 它就會透過電郵給你一個密碼! 然後就可以免費下載. 其實也可將它制作成免安裝的. 但我不做壞人家的規定呢...

輸入文件設定界面, 主要有三種文件要輸入: 個案文件, 對照組文件/人口文件, 地理定位文件

研究方法設定界面

輸出文件界面設定

2. 這款軟件並不難用, 但難在於它使用的資料準備、參數設定及結果的研判上.
2.1. 在資料準備上, 它可讀入很多的資料類型, 如dbf, csv, xls, txt等, 但我個人認為csv文件格式它讀入時較順利.
我同一個文件上, 最好有：
個案編號、
個案陽性數(case no)、 
對照個案數(control no---可計算伯努尼分佈Bernoulli distribution) 或 地區人口數 (population---可計算泊松分佈possion distribution)、
地區的經度(longitude)、地區的緯度(latitude)---可透過Google Earth取得!
2.2. 參數設定：最好使用50%人口, 看情況而定的馬可科夫鏈迭代次數(設定為999, 但小樣本可設為9999 或99999)
2.3. 結果最好配合Google Earth使用, 一目瞭然! (因為會生成KML文件)

在Google Earth 軟件輸出的結果--- 以紐約乳癌為例, 紅色為熱點---高發區, 藍色為低發區

    SaTScan對於疾病的空間, 時間聚集判斷很有用呢!!!