在R語言內劃流行病學曲線圖 (Drawing Epidemic curve in R statistical package!)

    以H7N9的數據作為例子吧!

setwd("設定路徑-記得是: /")

#使用epitools內的epicurve.weeks或epicurve.months等, 其實還有很多的, 可在RStudio內點epitools選...

library(epitools)

#使用讀入Excel的功能

library(readxl)

h7n9<-read_excel("文件名.xls")

h7n9$onset_date<-as.Date(h7n9$onset_date)

h7n9.week<-epicurve.weeks(h7n9$onset_date,format="%y-%m-%d",axisnames=F,legend="H7N9 week cases",xlab="Weeks",ylab="Cases no",col="green",segments=TRUE)

#format="%y-%m-%d" 時間變項的格式,

#axisnames=F要X軸的名義, 但我不要, 因為顯示出來的是一串數字, 不是週數,

#legend="H7N9 week cases",

#xlab="Weeks",

#ylab="Cases no",

#col="green",

#segments=TRUE 是否要以每細格代表1個案

#設定X軸, 這樣會好睇D!

axis(1,at=h7n9.week$xvals,labels=h7n9.week$cweek)

#設定圖題

title("H7N9週流行曲線")

參考資料: http://www.elsenburg.com/vetepi/BPEL/BPEL_2014_05_EpidemicCurve.pdf

完成作品,都不錯的...

[更新: 2016/1/1]

h7n9<-read.csv("H7N920160115.csv",header = T)
h7n9$onset_date<-as.Date(h7n9$onset_date)
library(epitools)
h7n9.week<-epicurve.weeks(h7n9$onset_date, format = "%Y/%m/%d",segments=TRUE,strata = h7n9$infect_pro,xlab="Weeks",col=h7n9$infect_pro,axisnames=F,main="H7N9 update to 2016/1/1")
axis(1,at=h7n9.week$xvals,labels=paste(h7n9.week$cyear,h7n9.week$cweek,sep = "-"))